SSH сервер может выполнять аутентификацию пользователей с помощью различных алгоритмов. Самый популярный - это аутентификация по паролю. Он достаточно прост, но не очень безопасный. Пароли передаются по безопасному каналу, но они недостаточно сложны для противостояния попыткам перебора.